براساس توافق صورت گرفته بین دانشگاه آزاد اسلامی و شورای اسلامی شهر نجف آباد، دپوی اولیه قطار شهری نجف آباد به اصفهان شامل کارگاه و ایستگاه اولیه در مساحت 18 کیلومتر مربع در ضلع غربی دانشگاه آزاد اسلامی نجف آباد ساخته می‌شود.