موضع گیری محمد منتظری بر علیه شهید بهشتی دیگر نمونۀ اعمال نفوذ بیت، بر می‌گردد به قضیۀ شهیدان ‌بهشتی و محمد منتظری. جو سنگین و مسمومی که علیه دکتر‌بهشتی راه انداخته بودند، روی محمد هم تاثیر گذاشته بود. محمد در سخنرانی‌ها و موضع‌گیری‌هایش به شدت بهشتی را می‌کوبید. شهریور۵۸، یک روز که در اتاق آقای‌منتظری

محمد منتظری؛ شهید مظلوم ۷تیر+تصاویر معتقد بود اگر در مرزهای فلسطین اشغالی در جنگ با اسرائیل پیشدستی نکنیم، آن ها در مرزهای ما وارد جنگ خواهند شد. یقیناً برخورد منفی و تند شیخ محمد در یک مقطع با شهید بهشتی از اشتباهات او بود. پایگاه خبری مشرق در مصاحبه ای با حجت الاسلام محمد حسن