موضع گیری محمد منتظری بر علیه شهید بهشتی دیگر نمونۀ اعمال نفوذ بیت، بر می‌گردد به قضیۀ شهیدان ‌بهشتی و محمد منتظری. جو سنگین و مسمومی که علیه دکتر‌بهشتی راه انداخته بودند، روی محمد هم تاثیر گذاشته بود. محمد در سخنرانی‌ها و موضع‌گیری‌هایش به شدت بهشتی را می‌کوبید. شهریور۵۸، یک روز که در اتاق آقای‌منتظری

۱۵شبانه‌روز بی‌خوابی محمد منتظری من اما طبق دستور، رویه‌ای کاملاً متفاوت در پیش گرفتم. از هر انقلابی دو آتشه‌ای انقلابی‌تر شدم، ریش پر‌پشتی گذاشتم و اورکت نظامی قدیمی به تن کردم. رابطه‌ام را با نهضت آزادی کم کردم و بعد هم از آن‌ها تبری جستم و بالاخره توانستم نمایندۀ یک شهر کوچک در اولین دورۀ