دیگر نمونۀ اعمال نفوذ بیت، بر می‌گردد به قضیۀ شهیدان ‌بهشتی و محمد منتظری. جو سنگین و مسمومی که علیه دکتر‌بهشتی راه انداخته بودند، روی محمد هم تاثیر گذاشته بود. محمد در سخنرانی‌ها و موضع‌گیری‌هایش به شدت بهشتی را می‌کوبید.

معتقد بود اگر در مرزهای فلسطین اشغالی در جنگ با اسرائیل پیشدستی نکنیم، آن ها در مرزهای ما وارد جنگ خواهند شد. یقیناً برخورد منفی و تند شیخ محمد در یک مقطع با شهید بهشتی از اشتباهات او بود.